函館護國神社は、約150年前の戊辰戦争から日清戦争、日露戦争、満州事変、支那事変、大東亜戦争などにおいて、ひたすら「国の平安」を願う一念のもと朔風肌をつんざく極寒の地に、炎熱燃ゆる南の島々に、また、南方の白雲流るる果ての洋上に奮戦力闘、終に二つとない尊い生命を捧げられた13,000余柱の御霊をお祀り申し上げています。
その御祭神の多くは幕末から明治、大正、昭和にかけて国難に際して両親に感謝し、妻や家族の健康を切願しつつ尊い生命を祖国に殉ぜられた青壮年たちで、国のある限り、人のある限り永久に仰ぎ見る神様であります。
「年々歳々花相似たり、年々歳々人同じからず」という一句がありますが、御祭神は、永久に若く、常に変わることなく、国の平安、郷土と家族の繁栄を見守り、人々が生活していく上での災いを鎮め、日々の生活が安心、安全に営まれることを祈り続けている神様です。