当神社は、国難に殉じた青年兵士を御祭神としてお祀りしております。
明治2年の戊申の役（函館戦争）から太平洋戦争の終結（昭和20年8月）に
至る道南の戦死された青年兵士おおよそ13,000余柱です。
すべて庶民出身の兵士たちでした。

　国難に殉じた青年兵士達には、学業半ばに海軍飛行予備学生として
特攻機爆装零戦に搭乗し、はるか雲流るる果ての洋上に散華された御祭神や
少年飛行兵、少年戦車兵として十代で戦死された御祭神も祀っています。
また、従軍看護婦として戦場に赴き戦死された若い女性の御祭神も祀っています。

　御祭神の多くは独身です。
国難に殉じた郷土出身の御祭神を御祭りする神社は護国神社だけです。

　若い独身の神々ですから、お慰めするには若い方の参拝が最善と考えま
した。永い歳月を経て若い女性やカップルの参拝が次第に増えてきました。
マスコミの報道や口コミで現在では、函館護國神社は縁結びの宮として定
着しました。

　特に初詣は、若いカップルが多いのが大きな特色です。
午前零時の除夜の鐘を合図に参拝するのですが、11時半ごろから若いカップルが自主的に整然と列をなして並ぶさまは、以前には見られない光景です。

　函館市民や近郊の方々はもとより、多くの観光客が縁結びの祈願で参拝するのですが、
祈願成就でお礼参りする方々も多くおります。
　平和で暮らせる現在があるのも、国難に殉じた若い御祭神が尊い命を捧げたからであります。
縁結びは、若い兵士達への熱い想いから生まれたものです。